Quatrième des cinq éléments du Plan d'Action pour le Milieu Marin (PAMM), le programme de surveillance (art. 11 de la DCSMM) est élaboré à l'échelle des eaux françaises de chaque sous-région marine et doit être mis à jour tous les 6 ans. Depuis l’intégration des PAMM dans les documents stratégiques de façade, les programmes de surveillance sont intégrés aux dispositifs de suivi des DSF, adoptés fin 2021 par les préfets coordonnateurs de façade.
L’objectif des programmes de surveillance est d’établir, en s’appuyant sur des dispositifs de surveillance et/ou des dispositifs de collecte, une stratégie permettant de recueillir les données nécessaires pour répondre aux finalités suivantes (arrêté du 20 septembre 2019):
- L’analyse des spécificités et caractéristiques essentielles de l’état écologique des eaux marines et des principaux impacts et pressions, notamment dus à l’activité humaine, sur l’état écologique de ces eaux, conformément à l’article R. 219-5 du code de l’environnement ;
- L’évaluation de l’atteinte du bon état écologique des eaux marines, défini par l’arrêté du 9 septembre 2019 pour le cycle 2. Les programmes de surveillance participent à la mise à jour de la définition du bon état écologique, conformément à l’article 6 du même arrêté ;
- L’évaluation de l’atteinte des objectifs environnementaux, élaborés conformément à l’article 3 de l’arrêté du 11 juillet 2018, pour leur mise à jour périodique, et la poursuite de la construction des indicateurs associés à ces objectifs ;
- L’évaluation de l’état de conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages d’intérêt communautaire à l’échelle biogéographique.
Les programmes de surveillance élaborés au titre du deuxième cycle de la DCSMM sont structurés en 14 programmes, correspondant chacun à un descripteur du bon état écologique, à l’exception des programmes relatifs aux descripteurs liés à la biodiversité. Les descripteurs « biodiversité » et « réseaux trophiques » ont ainsi été regroupés, puis redécoupés par compartiment ou composante de l’écosystème. Les 14 programmes de surveillance sont les suivants :
- Oiseaux marins (biodiversité)
- Mammifères marins et tortues marines (biodiversité)
- Poissons et céphalopodes (biodiversité)
- Habitats benthiques (biodiversité)
- Habitats pélagiques (biodiversité)
- Espèces non indigènes
- Espèces commerciales
- Eutrophisation
- Intégrité des fonds marins
- Changements hydrographiques
- Contaminants
- Questions sanitaires
- Déchets marins
- Bruit sous-marin
Chacun de ces programmes est lui-même composé de plusieurs sous-programmes, définis avec un objectif de cohérence scientifique et opérationnelle. Chaque sous-programme porte sur un ensemble d’éléments suivis auxquels on peut rattacher des méthodes et une stratégie d’échantillonnage spatiale et temporelle raisonnablement homogènes. Les programmes de surveillance intègrent également des dispositifs de collecte de données concernant les activités et usages du milieu marin.